Фамилия Мусаковская — довольно редкая и почти наверняка польская или украинская по происхождению. Об этом говорит суффикс -ская, который характерен для фамилий шляхетского круга Речи Посполитой, а также для украинских фамилий, образованных от названий сел. В отличие от русских фамилий на -ский, которые часто были семинарскими (искусственными), польские и украинские носители такой модели обычно наследовали её от названия родового имения.

Основа фамилии — Мусаков — скорее всего, происходит от топонима Мусаков или Мусаково. Такое название могло быть у села или хутора. В свою очередь, название села, вероятно, ведет начало от прозвища или имени Мусак. Это имя могло быть вариантом крестильного имени Моисей (в просторечии Мосей, Муса) или же тюркским именем Муса (арабская форма библейского Моисея, распространенная у народов, исповедующих ислам). В пограничных землях Речи Посполитой, где жили русины, поляки и татары, такие заимствования не редкость.

Таким образом, родоначальник Мусаковских — это человек, владевший землей или живший в местечке Мусаков. Его потомки, переезжая в другие места, получали фамилию по имени покинутого гнезда. Географически фамилия тяготеет к западу бывшей Российской империи: современные западная Беларусь, Волынь, Подолье. Встречается она и среди потомков польской шляхты, переселенной в XIX веке на Кавказ или в Сибирь после восстаний.

С точки зрения словообразования, фамилия прошла два этапа: сначала от прозвища Мусак возникло название села (Мусаково), а затем от названия села — фамилия Мусаковский. Приставка Мусаков- здесь — не фамилия отца, а указание на конкретную местность. Мужской вариант фамилии — Мусаковский, женский — Мусаковская. В дореволюционных метрических книгах можно встретить написание через «а» с ударением на втором слоге: Мусáковская.