Фамилия Мусаковы образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ов, который присоединяется к основе мужского имени или прозвища. В основе лежит имя Муса́к. Это, в свою очередь, уменьшительная или обиходная форма от мусульманского имени Муса — арабского варианта библейского Моисей. В тюркской и кавказской среде имя Муса было широко распространено, и от него естественным образом возникали патронимы (отчества), которые затем закреплялись как фамилии.

В русском контексте фамилия Мусаковы часто встречается у потомков крещёных татар, башкир или народов Кавказа, которые переходили в православие и получали фамилии по имени отца. Однако не стоит думать, что это исключительно «нерусская» фамилия. В центральных губерниях России, например в Рязанской или Тамбовской, Мусаковы могли появиться как следствие давних торговых или военных контактов с Ордой. В таких случаях фамилию давали не по крестильному имени, а по прозвищу Муса́к — так могли называть человека, который чем-то напоминал татарина или мусульманина: говором, внешностью или привычками.

Интересная деталь: ударение в фамилии может падать как на последний слог (Мусако́вы), так и на второй (Муса́ковы). Первый вариант характерен для южнорусских и украинских говоров, где фамилии на -ов часто произносят с ударением на окончании. Второй — для северных и центральных областей. Эта разница нередко указывает на регион, где фамилия закрепилась исторически.

Встречается и редкая версия, что основа могла быть не личным именем, а прозвищем от слова «мусак» — в некоторых диалектах так называли мохнатый плащ или бурку из козьей шерсти. Тогда родоначальник Мусаковых мог быть мастером по изготовлению такой одежды или просто носить её. Но эта гипотеза менее убедительна, так как прозвища от названий одежды обычно давали по более конкретным предметам (Шапкин, Тулупов), а «мусак» — слово редкое и локальное. Поэтому основная и самая надёжная версия — происхождение от имени Муса.