Фамилия Мусакова — женская форма фамилии Мусаков, которая образована от мужского имени Муса. В основе лежит арабское имя Муса — это библейский Моисей, почитаемый в исламе как пророк. Имя широко распространено у народов, исповедующих ислам: у татар, башкир, народов Кавказа, Средней Азии. Соответственно, фамилия Мусакова чаще всего встречается именно в этих регионах России и бывших республиках СССР.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий по отчеству: «чей?» — Мусаков, то есть сын Мусы. В русской традиции так оформляли фамилии нерусских народов, когда фиксировали их в документах. Поэтому Мусакова — это не исконно славянская, а адаптированная фамилия, возникшая в среде крещёных или просто русифицированных татар, башкир, азербайджанцев или горских народов.

В редких случаях основой могло стать не имя, а прозвище Мусака — так в некоторых диалектах называли человека с тёмной кожей или смуглого, проводя параллель с образом библейского пророка-эфиопа. Но эта версия менее вероятна: в массовом порядке фамилию давали именно по имени отца.

Встречаются и варианты написания с удвоенной «с» — Муссакова, но основная форма закрепилась с одной «с», как в имени Муса. В архивных записях XIX века фамилия фиксируется у татарских крестьян Оренбургской и Уфимской губерний, а также у горских евреев Дагестана, где имя Муса также было распространено.