Фамилия Мусакеева образована от мужского имени Мусакей. Это составное имя, распространённое у тюркских народов, особенно у киргизов, казахов, башкир и татар. Первая часть — Муса — арабское имя библейского пророка Моисея (Мусы), широко известного в исламской традиции. Вторая часть — кей или кый — в тюркских языках может означать «совет», «собрание» или выступать как усилительная частица, придающая имени значение «истинный», «настоящий». Таким образом, Мусакей — это «истинный Муса» или «Муса-советчик», то есть имя с пожеланием мудрости и благочестия.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который добавляется к основам на мягкий согласный или на -й. В данном случае к основе Мусакей прибавили -ев, а затем окончание -а, указывающее на женский род. Поэтому Мусакеева — это буквально «дочь (или жена) Мусакея». Мужской вариант — Мусакеев. Такая модель типична для фамилий, которые возникли в XIX — начале XX века, когда русская администрация фиксировала имена и прозвища нерусских народов, оформляя их по стандартам Российской империи.

Географически фамилия Мусакеева чаще всего встречается в Киргизии, Казахстане, а также среди башкирского и татарского населения России. Встречаются варианты написания с одной «с» — Мусакеева, но это скорее опечатка или упрощение. Исходное имя Мусакей могло быть как личным именем, так и прозвищем — например, так могли называть человека, который в общине слыл набожным и рассудительным, «как пророк Муса».

С точки зрения словообразования интересно, что суффикс -ей в тюркских составных именах нередко указывает на уменьшительно-ласкательную или уважительную форму. То есть Мусакей — это не просто «Муса», а «Муса-батюшка» или «уважаемый Муса». Фамилия Мусакеева, таким образом, несёт отпечаток не только религиозного, но и социального контекста: её носители — потомки человека, которого в своём кругу выделяли за особые душевные качества.

Редкая особенность этой фамилии — её «прозрачная» тюркская основа при полностью русском оформлении. В отличие от многих фамилий, где корень затемнён или спорен, здесь значение имени-основы восстанавливается без натяжек. Это делает Мусакееву хорошим примером того, как исламское имя, пройдя через русскую канцелярию, стало фамилией, сохранившей память о конкретном человеке — вероятно, уважаемом старейшине или религиозном деятеле.