Фамилия Мусаков происходит от мужского имени Муса — арабской формы библейского имени Моисей. В мусульманской среде имя Муса широко распространено благодаря Корану, где пророк Муса (Моисей) занимает важное место. Соответственно, фамилия Мусаков — это типичная русская патронимическая фамилия, образованная по модели «имя + суффикс -ов», что буквально означает «сын Мусы» или «потомок Мусы». Суффикс -ов указывает на русское оформление фамилии, которое закрепилось в среде крещёных татар, башкир, а также других народов Поволжья и Кавказа, входивших в состав Российской империи.

В отличие от фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я, фамилии на -ов преимущественно происходят от основ на согласный или -о. Имя Муса заканчивается на -а, но в русской традиции его часто воспринимали как мужское имя с твёрдой основой, поэтому и появилась форма Мусаков, а не Мусакин. Встречаются и варианты Мусаев (с тюркским суффиксом -ев) — они более характерны для азербайджанской и дагестанской среды, тогда как Мусаков чаще фиксируется у татар и башкир.

Корень фамилии может восходить не только к имени пророка. В некоторых тюркских языках «муса» означало «рог» или «острый выступ» — такое прозвище могли дать человеку с резкими чертами характера или внешности. Однако эта версия менее вероятна: фамилии от прозвищ обычно несут следы бытовой лексики, а имя Муса в исламской культуре настолько распространено, что объяснение через имя пророка — первое и самое естественное.

Социально фамилия Мусаков не привязана к какому-то одному сословию. Её могли носить как крестьяне, так и купцы, муллы или служилые люди из татарских мурз. В документах XIX века Мусаковы встречаются среди государственных крестьян Казанской и Уфимской губерний. После революции фамилия распространилась шире, в том числе среди русских, но её исходный «мусульманский» след остаётся читаемым даже без специальных знаний.

Стоит обратить внимание на ударение: в фамилии Мусаков оно обычно падает на второй слог — Мусáков, хотя в некоторых говорах могут ставить на последний. Это характерно для фамилий, образованных от имён с ударением на последнем слоге (Мусá → Мусáков). Встречается и вариант Мусако́в — под влиянием общей тенденции ставить ударение на окончание в русских фамилиях.