Фамилия Мусакходжаев — один из ярких примеров того, как русская письменность зафиксировала сложную восточную антропонимическую модель. В основе лежит арабское имя Муса (библейский Моисей, почитаемый в исламе как пророк) и тюркский титул ходжа. Ходжа — это не просто имя, а почётное звание, которое в Средней Азии носили потомки пророка Мухаммеда, а также крупные землевладельцы, купцы и духовные наставники. Сочетание Мусакходжа означает «Муса-ходжа»: человек, чьё имя соединяет пророческое имя и высокий социальный статус.

Словообразовательная модель типична для фамилий, возникших в среде тюркских народов Российской империи, особенно в Узбекистане, Таджикистане и Казахстане. Русский суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного) присоединился к основе Мусакходжа, превратив личное именование в фамилию. Это произошло в конце XIX — начале XX века, когда началась массовая русификация документов и крестьянских записей. До этого носитель именовался по отцу: сын Мусакходжи, то есть Мусакходжаев.

Социальный контекст фамилии указывает на принадлежность предков к образованной или торговой среде. Ходжи в Средней Азии часто вели родословную от первых мусульманских проповедников, и фамилия могла передаваться как маркер уважения. Однако не стоит думать, что все Мусакходжаевы — потомки духовенства: со временем титул «ходжа» стали присваивать и просто зажиточным людям, а фамилия закрепилась за многими семьями, не связанными с религией.

В русском языке фамилия склоняется по правилам мужского рода с основой на согласный: Мусакходжаев, Мусакходжаева, Мусакходжаеву. Встречаются варианты написания с одной «с» (Мусакожаев) или с «у» в конце основы (Мусакходжаев — от диалектного произношения), но стандартная форма — с двумя «с» и «джа». В отличие от некоторых фамилий, где корень можно спутать с русским словом, здесь ошибки редки: носители чаще сталкиваются с вопросами о происхождении, чем с искажениями на письме.