Фамилия Мушацкий — редкий пример, где географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную версию. Суффикс -ский в русских фамилиях чаще всего указывает на происхождение от названия места: села, города, урочища. В данном случае основа «Мушац-» легко соотносится с топонимом Мушаты или Мушатка. На карте Украины есть село Мушаты (Одесская область, бывшая Подольская губерния), а в Крыму — Мушатка (старое название села, ныне в черте Севастополя). Человек, переселившийся из такого места, получал прозвание «Мушацкий» — то есть «тот, кто из Мушат».

Менее вероятна, но возможна версия от прозвища «Муша» или «Мушак». В южнорусских и украинских говорах «муша» могло означать «муха» (с характерным диалектным смягчением), либо быть уменьшительной формой имени Мусий (разговорный вариант от Моисей). Тогда фамилия образована по той же модели: Муша + -цкий, что встречается редко, но не исключено. Однако для фамилий на -ский типичнее именно топонимическое происхождение.

Фамилия не принадлежит к числу дворянских или старых аристократических родов — в реестрах польской шляхты и русских родословных книгах Мушацкие не значатся. Это фамилия позднего образования, характерная для крестьян и мещан, которые получали фамилии по месту жительства в XIX веке, после отмены крепостного права или при переписях. География бытования сегодня — преимущественно Украина (особенно западные и южные области), а также среди эмигрантских потомков в Северной Америке.

В написании возможна вариативность: в дореволюционных документах встречается «Мушатский» (с твёрдым т), что ещё сильнее связывает фамилию с крымским топонимом Мушатка. Современный вариант «Мушацкий» — результат упрощения произношения, когда «т» выпало в потоке речи. Так что, скорее всего, предки носителя этой фамилии жили в селе с названием на «Муш-», а фамилия пришла к ним вместе с паспортом и земельным наделом.