Фамилия Мушекенова — редкий пример, где основа явно тюркская, а суффикс — русский, что указывает на позднее оформление фамилии в среде, перешедшей на русское делопроизводство. Разберём её по частям. Корень «мушекен» — это искажённое или диалектное произношение мужского имени Мусукен или Мусуке. В свою очередь, это уменьшительная форма от имени Муса (библейский Моисей в исламской традиции, один из почитаемых пророков). Тюркский суффикс «-кен» (или «-ген») в казахском, киргизском и других языках образует ласкательные, «домашние» варианты имени, примерно как в русском «Ваня» от «Иван». То есть Мусукен — это «маленький Муса», «Мусенька». Фонетический переход «с» в «ш» (Мусукен → Мушекен) — обычное явление в разговорной речи, особенно в диалектах, где звук «с» перед гласными мог смягчаться или заменяться на шипящий под влиянием соседних языков (например, уйгурского или узбекского). Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Мушекен добавили суффикс «-ов» (в женском роде — «-ова»), что значит «принадлежащий Мушекену», «из рода Мушекена». Такие фамилии массово давали при переписях в XIX — начале XX века кочевому и полукочевому населению Казахстана и Средней Азии, когда фиксировали имя отца или деда как фамилию. Географически фамилия Мушекенова встречается почти исключительно в Казахстане, реже — в приграничных областях России (Оренбургская, Астраханская). Сословно носители почти наверняка происходят из казахов или, реже, из каракалпаков, причём предок по имени Мусукен мог быть как рядовым скотоводом, так и человеком из зажиточной семьи — имя не несло социальной окраски. Родственные фамилии, образованные от того же корня, — Мусукенов, Мусикенов, Мусакенов. Разница в написании (Мушекенов вместо Мусукенов) — верный признак того, что фамилию записывали на слух, и писарь, скорее всего, не был носителем тюркского языка.