Фамилия Мушкенов — одна из тех, где разбор упирается в неочевидную основу. Сразу скажем: прямой связи с «мушкетами» или «мушкетёрами» здесь, скорее всего, нет. В русских фамилиях на -ов основа почти всегда восходит к прозвищу или имени, а не к заимствованному оружию, которое к тому же дало бы форму «Мушкетов» (такая фамилия тоже существует, но это другая история).

Ключ к разгадке — в тюркских языках. В казахском, башкирском и татарском слово «мушкен» (варианты: мүшкен, мөшкен) означает «клещ» (паразит, а не инструмент). Прозвище Мушкен могли дать человеку назойливому, приставучему или, наоборот, маленькому и юркому — по аналогии с насекомым. В ономастике такие «насекомые» прозвища не редкость: вспомните фамилии Комаров, Жуков, Мухин. Основа «Мушкен» — это усечённая тюркская форма, к которой в русской среде прирос типичный патронимический суффикс -ов (чей? — сын Мушкена). Таким образом, фамилия образована по русской модели, но от тюркского прозвища.

Есть и менее вероятная, но всё же возможная версия — от арабского имени Мушкин (или Мишкин), что значит «мускусный», «благоуханный». В этом случае суффикс -ен- мог быть диалектным или просто искажением при записи (Мишкин → Мушкенов). Однако в пользу «клещевой» версии говорит география фамилии: Мушкеновы чаще всего встречаются среди башкир, татар и казахов, особенно в Оренбургской и Челябинской областях, а также в Башкортостане. Для этих регионов тюркская основа — естественное объяснение.

Словообразовательная модель проста: корень Мушкен- + суффикс -ов. Суффикс указывает на принадлежность: буквально «из рода Мушкена». Интересно, что в самой фамилии ударение обычно падает на первый слог (Мушкенов), что типично для тюркских заимствований, адаптированных русским языком.

Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Мушкин, Мушкаев, Мушегов — все они, скорее всего, восходят к той же основе «мушкен» или её диалектным вариантам. Сословно фамилия не элитарная: её носителями были, вероятно, крестьяне или казаки из смешанных тюрко-русских областей. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что лишний раз подтверждает её прозвищное, бытовое происхождение.