Фамилия Мушинська — это женская форма фамилии Мушинський, и её разбор стоит начать с суффикса. Окончание -ськ(ий/-а) указывает на типично польскую или украинскую модель образования. В Речи Посполитой такие фамилии чаще всего давали по названию местности: владельцу имения или выходцу из села. Основа «Мушин» с большой вероятностью восходит к топониму Мушина — так называется село в Польше (Малопольское воеводство) и несколько хуторов на западе Украины. Человек, переселившийся оттуда, получал прозвание «Мушинський», то есть «тот, кто из Мушина».

Менее вероятна, но возможна версия от прозвища Муха. В украинском и польском языках «муха» звучит как «муха», и суффикс -ин мог образовать притяжательное прилагательное: «Мушин» — сын или человек Мухи. Но в таком случае ожидалась бы фамилия Мухин или Мушин, а не Мушинський с характерным топонимическим суффиксом. Поэтому географическая версия убедительнее.

Корень «муш-» также встречается в польском слове «muszy» (мушиный) и в старых прозвищах, связанных с назойливостью или лёгкостью, но для фамилий на -ський это нетипично. В украинских говорах слово «муша» могло означать «мушка» или «мелкая соринка», но опять же — без привязки к месту фамилия скорее получила бы другую форму.

Социально фамилия Мушинська (Мушинський) в XIX веке была распространена среди православной и греко-католической шляхты Галичины и Волыни. Встречается в метрических книгах Подольской и Волынской губерний, а также в переписях населения современной Тернопольской и Львовской областей. Носители фамилии могли быть мелкими землевладельцами или крестьянами, получившими фамилию по месту выхода. Сегодня фамилия редкая, сосредоточена в западных областях Украины и среди украинской диаспоры в Польше.