Фамилия Мушкетов напрямую связана с прозвищем Мушкет, которое давали предку. В основе лежит нарицательное «мушкет» — ручное огнестрельное оружие, дальнозарядное ружьё XVI века, впервые появившееся в Испании в 1521 году и вытеснившее более примитивную аркебузу. Мушкеты обязаны своим появлением изобретению зернистого пороха: он кардинально облегчал зарядку длинноствольного оружия, сгорал полнее и равномернее. Это, в свою очередь, подтолкнуло технологии к производству длинных стволов лучшего качества. Позже термин «мушкет» закрепился за любыми дальнозарядными ружьями, а само оружие как массовое продержалось в армиях до второй половины XIX века, пока его не сменили казнозарядные системы.

Но откуда именно пошло прозвище? Версий несколько, и они не исключают друг друга. Самая прямая — человека так окрестили за службу: он был стрелком-мушкетёром, владел этим оружием профессионально. Вторая, не менее правдоподобная — основатель рода сам изготавливал оружие, то есть был оружейником. В старину ремесленников часто называли по продукту их труда: бондарей — Бочкарёвыми, а мастеров по ружьям — Мушкетовыми. Наконец, не стоит сбрасывать со счетов и чисто бытовую метафору: прозвище Мушкет могли дать рослому, сильному человеку или тому, кто отличался вспыльчивым, «огнестрельным» нравом.

Слово пришло в русский язык из французского (mousquet), но корни у него итальянские, от moschetta — так называли арбалетный болт, а позже и само ружьё. В русских документах фамилия встречается с XVII–XVIII веков, когда стрелецкие полки и новые регулярные войска активно переходили на европейское вооружение. Тогда же прозвище Мушкет и закрепилось в качестве родового имени.

Фамилия образована по стандартной модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: Мушкетов — сын Мушкета. Это типичная русская патронимическая фамилия от прозвища, а не от крестильного имени. Родственных «однофамильцев» по корню нет — это не уменьшительная форма и не диалектное слово, поэтому круг поиска предков сужается именно до оружейного дела или военной службы.

Самый известный носитель — Иван Васильевич Мушкетов (1850–1902), выдающийся геолог и географ, исследователь Средней Азии. Его фамилия часто упоминается в научной литературе, но она не повлияла на происхождение рода — просто один из потомков того самого прозвища прославил его. В остальном фамилия редкая, не частотная, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, род вёл начало из одного региона, где жил и работал мастер-оружейник или служилый человек с таким прозвищем.