Фамилия Мушкетов образована от личного прозвища Мушкет и относится к распространенному типу русских фамилий, построенных по модели «прозвище + суффикс -ов». Этот суффикс указывал на принадлежность: Мушкетов буквально значит «сын Мушкета», «из рода Мушкета». Такой способ образования был самым массовым в русской ономастике, поэтому фамилия органично вписалась в общероссийский контекст, хотя исходное прозвище звучало необычно.

Прозвище Мушкет восходит к нарицательному «мушкет» — от французского mousquet. Так называли ручное огнестрельное оружие, дальнозарядное ружьё XVI века. Впервые мушкеты появились в Испании в 1521 году и быстро вытеснили из армий более примитивную аркебузу. Их распространению способствовало изобретение зернистого пороха: он кардинально облегчал зарядку длинноствольного оружия, сгорал полнее и равномернее. Это, в свою очередь, подтолкнуло развитие технологий, позволивших производить длинные стволы лучшего качества. Позже термин «мушкет» часто применяли к любым дальнозарядным ружьям. Как массовое ручное стрелковое оружие мушкеты просуществовали до второй половины XIX века, пока им на смену не пришло казнозарядное оружие.

Исходя из значения основы, можно предположить, что основатель рода Мушкетовых был оружейником, либо получил прозвище за силу, меткость или военную выучку — в эпоху, когда владение мушкетом требовало немалого мастерства. Прямых документальных свидетельств о конкретном человеке по имени Мушкет у нас нет, поэтому версия о ремесле остаётся наиболее правдоподобной, но не единственной: прозвища нередко закреплялись за людьми по случайному внешнему сходству или по роду службы.

О точном месте и времени возникновения фамилии Мушкетов говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и пик его пришёлся на XVI–XVII века. В это время прозвища активно превращались в наследственные именования, особенно среди служилых людей и посадского населения. Мушкетовы могли выйти из среды стрельцов или казаков, где огнестрельное оружие было привычным делом, но это лишь предположение, не подтверждённое пока архивными данными.

Фамилия Мушкетов — замечательный памятник славянской письменности и культуры. Она сохранила в себе память о военной истории Европы и России, о технологическом рывке, который изменил способы ведения боя. Редкая и звучная, она до сих пор вызывает ассоциации с эпохой мушкетёров, хотя её носители могли быть и простыми ремесленниками, делавшими надёжные стволы.