Фамилия Мускеева — женская форма, а мужская — Мускеев. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы имени или прозвища с помощью суффикса -ев. Этот суффикс присоединяют к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на й, что и даёт -ев, а не -ов. Вопрос в том, что стоит за основой «Мускей».

Здесь возможны два основных пути. Первый и самый вероятный — тюркское происхождение. В татарском, башкирском и других тюркских языках есть имя Муса (библейский Моисей в исламской традиции). Уменьшительно-ласкательная форма от Мусы — Мускай или Мускей. То есть Мускеев — это буквально «сын Мускея», а Мускея — «маленький Муса». Такие формы с уменьшительным суффиксом -кай/-кей (ср. Бикбай — Бикбаев, Аксай — Аксаев) очень характерны для татарских и башкирских фамилий, которые в XIX–XX веках русифицировали через добавление русского суффикса.

Вторая версия — прозвищная, но менее убедительная. В русских говорах слово «мускей» не зафиксировано. Можно предположить связь с диалектным «муска» — так в некоторых регионах называли мускус, пахучее вещество, или же «мускусный» — относящийся к запаху. Но такое прозвище маловероятно для массового фамильного имени: слишком узкая и редкая лексика. Гораздо логичнее, что фамилия пришла из тюркской среды, где имя Муса было одним из распространённых мусульманских имён.

Географически фамилия Мускеев/Мускеева чаще всего встречается в Поволжье и Приуралье — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это подтверждает тюркскую версию: именно в этих регионах происходила массовая русификация татарских и башкирских фамилий в XIX веке. Если ваши предки носили эту фамилию, с высокой вероятностью они были из крещёных или служилых татар, башкир или мишарей. Сословно это могли быть государственные крестьяне, реже — купцы или мелкие служилые люди.

Коротко: Мускеева — это «дочь Мускея», а Мускей — ласковое прозвище человека по имени Муса. Фамилия тюркская по корню и русская по оформлению, типичная для востока европейской России.