Фамилия Мускенов — редкая и морфологически прозрачная, но с запутанной этимологией. По модели образования это типичная русская фамилия на -ов, указывающая на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Мускена. Основа Мускен — это, скорее всего, неполное личное имя или прозвище, а не крестильное имя из святцев.

Ключ к разгадке — в адыгских, тюркских или иранских корнях. Самая вероятная версия: основа восходит к кавказскому (адыгскому или тюркскому) слову «мускъэн» или близкому по звучанию, означающему «сильный», «могучий» или «богатырь». В таком случае Мускен — это прозвище, данное физически крепкому или влиятельному человеку. Сравните с осетинским «мусæг» (силач) или кабардинскими личными именами с похожим корнем. Фамилия могла возникнуть в среде терских казаков, активно контактировавших с горскими народами, или у кавказских народов, чьи фамилии русифицировались при записи в документы.

Менее убедительна, но возможна версия от тюркского слова «мускен» (убежище, приют). Тогда прозвище могло получить человек, давший кому-то кров, или житель укреплённого места. Однако связь с личной характеристикой («силач») кажется более прямой и типичной для прозвищ, переходящих в фамилии.

Географически фамилия Мускенов тяготеет к югу России — к Северному Кавказу, Ставрополью, Ростовской области. Встречается она и у осетин, и у народов Дагестана, и у русских старожилов этих мест. Суффикс -ов при таком корне — признак позднейшей канцелярской унификации, когда фамилию записывали «по-русски», отсекая исходный родовой суффикс. Так что предки носителя фамилии Мускенов, скорее всего, жили на Кавказе или в Предкавказье, а их родоначальник получил прозвище за заметную физическую силу или властность.