Фамилия Муськин на первый взгляд кажется простой, но её происхождение сразу уводит в спорную зону. Основной вопрос: что лежит в основе — личное имя или прозвище? И ответ на него неочевиден.

Самый вероятный путь — от производной формы канонического имени Мануил. В народной речи это имя сильно сокращали: Мануйла, Мануха, а затем и Маня, Манька. Но есть и другой вариант — от имени Моисей, которое в просторечии звучало как Мосей, Моська. Созвучие «Муська» могло возникнуть как ласкательная форма от обоих имён. Фамилия образована по стандартной модели на -ин, то есть «сын Муськи». Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному человеку, а не на профессию или место.

Менее распространённая, но вполне реальная версия — от прозвища Муська, которое давали человеку с мягким, ласковым характером или, наоборот, с обидчивым нравом. В диалектах слово «муська» иногда означало «мордочка» или «личико», что могло стать основой для прозвища по внешности. Однако в ономастике принято сначала искать связь с крестильными именами, а уже потом с прозвищами.

Географически фамилия редкая. Она встречается в центральных областях России и на юге, но не образует плотных гнёзд. Это говорит о том, что фамилия не ведёт происхождение от какого-либо известного служилого рода или купеческой династии. Скорее всего, предки Муськиных были крестьянами или мещанами, а сама фамилия закрепилась в одной-двух деревнях и дальше не распространилась широко.

В словаре Б. Унбегауна подобные фамилии на -ин от кратких форм имён разбираются как типичные для русского Севера и центра, но «Муськин» там не упомянут — это редкий случай, когда фамилия осталась за пределами крупных справочников. Что не делает её менее интересной: в ней хорошо видна живая народная переработка церковных имён.