Фамилия Мустачко — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не ремесло и не географическое название, а прозвище, данное по характерной внешней черте. Её сразу выдает суффикс -ко, типичный для украинских и южнорусских фамилий. В украинском языке он выполняет ту же роль, что русские -ов или -ин: указывает на происхождение по отцу или на принадлежность к роду. То есть Мустачко — это буквально «сын (или потомок) человека с усами» или «тот, кто носит усы».

Основа фамилии — слово «мустак» или «мустач». В украинских говорах «мустак» — это ус, причем не просто усы, а длинные, пышные, возможно, казацкие. Есть и польский след: wąs (ус) в уменьшительной форме может звучать как wąsik, но «мустак» — это скорее диалектный вариант, закрепившийся в речи. Таким образом, первого носителя фамилии прозвали Усачом или Усатым, а его дети уже стали Мустачками.

Географически фамилия тяготеет к западу Украины — к Волыни, Подолью, Галичине. Именно там бытовало слово «мустак», и именно там суффикс -ко особенно распространен. В России эта фамилия встречается редко и почти всегда связана с переселенцами из украинских губерний в XIX–XX веках. Встречаются варианты написания: Мустаченко (с более типичным украинским суффиксом -енко) и Мустаков (с русифицированным окончанием).

Сословного барьера у фамилии не было: усы в народной среде носили и крестьяне, и казаки, и мещане. Прозвище «Мустак» мог получить любой обладатель заметных усов — от пахаря до запорожца. Но поскольку в казацкой среде усы были не просто модой, а знаком мужской доблести, версия о казачьих корнях фамилии выглядит правдоподобнее. Документальных подтверждений этому нет — фамилия не попала в реестры запорожского войска, но в бытовых записях XVIII–XIX веков она фиксируется именно на территориях бывшей Сечи.