Фамилия Мустафенко — яркий пример того, как восточное имя получило славянскую форму на украинских землях. Её основа — личное имя Мустафа, которое в переводе с арабского означает «избранный» и является одним из эпитетов пророка Мухаммеда. Это имя широко распространено у тюркских и кавказских народов, исповедующих ислам, и в Российскую империю оно попало вместе с татарами, башкирами, а позже и с выходцами из Крыма и Турции.

Ключевая особенность фамилии — суффикс -енко. В украинской ономастике это самый распространённый патронимический суффикс, который означает «сын» или «потомок». Если бы фамилия образовалась в великорусских землях, она звучала бы как Мустафов. Форма Мустафенко указывает на то, что носитель фамилии — потомок человека по имени Мустафа, а сама фамилия сложилась на территории современной Украины, скорее всего, в её южных или восточных областях, где исторически были контакты с тюркским населением и запорожским казачеством.

Интересно, что в этой фамилии скрестились две культурные традиции: тюркское имя, принесённое, вероятно, татарами или турками, и украинская модель фамилии, которая закрепилась за потомком в XVII–XVIII веках. Это мог быть либо крещёный татарин, либо человек, получивший прозвище по имени соседа или работника, но наиболее вероятно, что предок носителя фамилии был крещёным мусульманином, который перешёл в православие, но сохранил родовое имя. Фамилия не имеет отношения к дворянскому сословию — суффикс -енко в те времена был принадлежностью казацкой старшины, мещан и крестьян.

Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Мустафенко стоит особняком: Мустафин — типично татарская форма (суффикс -ин), Мустафаев — азербайджанская или кавказская, а Мустафенко — украинская. Встречается она нечасто, но её носители живут в основном в центральной и восточной Украине, а также в южных регионах России, куда переселялись украинцы.