Фамилия Мустафна — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор стоит начать с вопроса: а точно ли это русская фамилия? Скорее всего, перед нами пример фамилии тюркского или кавказского происхождения, адаптированной к русской письменности. Основа здесь — мужское имя Мустафа (араб. «избранный», один из эпитетов пророка Мухаммеда). В русском быту такие фамилии обычно получали суффикс -ов (Мустафов) или -ин (Мустафин). Форма Мустафна с окончанием -а — нетипична для русской модели; она могла возникнуть при записи фамилии на слух, когда конечное -а восприняли как часть основы, или же это вариант фамилии, бытующий у народов, где фамилии не склоняются и оканчиваются на гласный.

Если всё же предположить, что это русифицированная форма, то суффикс -н- здесь нестандартен. В русских фамилиях -ин указывает на принадлежность («чей?»): Мустафин — сын Мустафы. А -на в женском роде — обычное окончание (Мустафина). Но написание Мустафна без гласной между «ф» и «н» говорит либо о сокращении при переписи (пропустили букву «и»), либо о том, что фамилия записана в женском роде, но мужской вариант утерян. Встречается также написание Мустафна как вариант фамилии у крымских татар или народов Северного Кавказа, где фамилии часто оканчиваются на -а, -е.

Кем могли быть предки? Скорее всего, носитель фамилии или его отец носил имя Мустафа. В России это имя было распространено среди татар, башкир, а также в среде служилых татар, перешедших на русскую службу в XV–XVII веках. Род занятий мог быть любым: от крестьянина до купца или военного. Поскольку фамилия редкая и не имеет типичного русского суффикса, её обладатели, вероятно, сохраняли этническую или конфессиональную обособленность, либо фамилия была записана в инородческой среде (например, в Оренбургской или Астраханской губерниях).

Дополнительная деталь: в некоторых тюркских языках слово «мустафа» могло использоваться и как прозвище — уважительное обращение к старшему или наставнику. Так что фамилия могла закрепиться за человеком, которого в окружении называли Мустафой не по имени, а по положению. В любом случае, без дополнительных генеалогических данных (регион, сословие) точнее сказать сложно, но корень очевиден — арабское имя, попавшее в русский обиход через тюркское посредничество.