Фамилия Мустафинов — это развёрнутое отчество, которое буквально означает «внук Мустафы». Если разложить цепочку: сначала было личное имя Мустафа, от него образовали отчество Мустафин («сын Мустафы»), а уже от этого отчества, по той же модели, появилась фамилия Мустафинов («сын Мустафина», то есть внук Мустафы). Такой способ — редкий для русских фамилий, но встречается в тюрко-мусульманской среде, где имя предка в третьем поколении нередко становилось родовым прозванием.

Имя Мустафа пришло из арабского языка и означает «избранный», «самый чистый», «превосходящий других». В исламской традиции это один из эпитетов пророка Мухаммада, поэтому имя было широко распространено у народов, принявших ислам: татар, башкир, казахов, народов Кавказа. Фамилия Мустафинов с русским суффиксом -ов указывает на то, что её носители жили в зоне активного русско-тюркского взаимодействия — скорее всего, в Поволжье или на Урале, где татарские и башкирские рода часто русифицировали свои фамилии.

Интересно, что параллельно существует более короткая форма — Мустафин. Она тоже образована от имени Мустафа, но фиксирует только одно поколение: «сын Мустафы». Фамилия Мустафинов — это уже вторая ступень, и она встречается заметно реже. Такое удлинение часто происходило стихийно: когда в деревне было несколько Мустафиных, их потомков начинали различать по деду, и за одной ветвью закреплялось Мустафиновы, за другой — Мустафины.

В дореволюционной России фамилия Мустафинов не принадлежала какому-то одному сословию. Её носили и крестьяне, и служилые татары, которые за верную службу получали поместья и постепенно вливались в дворянство. Но проследить конкретную родословную по одной только фамилии невозможно: слишком много разных родов могли независимо друг от друга получить её от разных предков по имени Мустафа.

Сегодня фамилия Мустафинов встречается в основном в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а также в крупных городах, куда переезжали потомки волжских татар. Несмотря на внешне русское окончание, она сохраняет память о мусульманском имени, которое носил родоначальник, — и в этом её главная особенность: фамилия звучит по-русски, а корень ведёт в арабскую лексику и исламскую культуру.