Фамилия Мустафов отвечает на вопрос «чей ты?» и указывает на прямого предка по мужской линии: это потомок человека по имени Мустафа или Мустаф. Такая модель образования — отцовское имя плюс суффикс -ов — самая распространённая в русской ономастике, и в этом смысле фамилия устроена просто, хотя корень у неё нерусский.

Основа фамилии восходит к арабскому имени Мустафа, которое переводят как «избранный», «самый чистый», «превосходящий других». Это не просто красивое пожелание родителя: слово «мустафа» — один из устойчивых эпитетов пророка Мухаммада, основателя ислама, проповедника единобожия. Поэтому имя с самого начала несло высокий религиозный смысл: называя сына Мустафой, семья подчёркивала не только надежду на его достоинства, но и близость к исламской традиции.

В русской передаче имя закрепилось в нескольких формах. Классическое Мустафа и его краткий, несколько обрусевший вариант Мустаф — обе эти основы дали жизнь фамилиям. Форма Мустафов, вероятно, возникла от краткого варианта, который в бытовой речи звучал естественнее для русского уха: окончание -а в имени Мустафа могло восприниматься как женское, поэтому мужскую фамилию чаще строили от усечённой основы.

Носители фамилии встречаются там, где исторически жили тюркские и кавказские народы, принявшие ислам: в Поволжье, в Крыму, на Северном Кавказе, в Средней Азии. Вместе с русским суффиксом фамилия указывает на то, что предки её носителей в какой-то момент оказались в русскоязычной среде — либо при переписях, либо при оформлении документов, когда местные имена записывали по общероссийским правилам. Сословной принадлежности по фамилии не определить: её могли носить и торговцы, и крестьяне, и духовные лица — имя не даёт подсказки о роде занятий.

Любопытно, что фамилия сохранила двойное написание в разных традициях: у татар и башкир чаще встречается Мустафин, у народов Кавказа — Мустафаев, а форма Мустафов тяготеет к русской документальной традиции. Это не ошибка, а отражение того, как одно и то же имя адаптировали разные языковые среды. Сегодня Мустафов — фамилия интернациональная по происхождению, но вполне привычная для русского уха, и её носитель может с равным основанием считать себя наследником и арабской культуры, и русской ономастики.