Фамилия Мустафинова хранит память о предке по мужской линии, которого звали Мустафа. Это имя пришло из арабского языка и означает «избранный», «самый чистый», «превосходящий других». Такое имя давали с надеждой, что ребенок вырастет достойным и уважаемым человеком.

По своей модели Мустафинова — это отчество второго порядка, или «внучесть». Сначала сына Мустафы называли Мустафиным — то есть «сыном Мустафы». А уже его детей, то есть внуков Мустафы, в свою очередь, величали Мустафиновыми. Так цепочка «Мустафа — Мустафин — Мустафинов» закрепилась в фамилии и донесла до нас имя родоначальника.

Фамилия бытует в формах Мустафин и Мустафинова. Обе они восходят к одному корню, но вторая указывает на более поздний этап формирования родового имени, когда отчество застыло и передалось следующему поколению уже как фамилия. Подобная модель встречается в русских фамилиях тюркского и мусульманского происхождения, где имя отца становилось основой для имени внука.

В написании Мустафинова слышится и женская форма фамилии, и мужская — Мустафинов. В обоих случаях носитель фамилии может проследить свою родословную до человека, которого отличали как избранного или чистого помыслами. Сама фамилия не указывает на сословие или ремесло: она говорит только об имени предка, но это имя в мусульманской традиции всегда несло высокий смысл.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Мустафин встречается чаще, чем Мустафинов. Это объясняется тем, что более короткая форма возникла раньше и успела шире распространиться. Форма с суффиксом -ов закрепилась в тех семьях, где хотели подчеркнуть принадлежность к роду Мустафиных, и со временем стала самостоятельной фамилией.