Фамилия Мустафев — один из тех случаев, когда русская модель образования фамилии накладывается на мусульманское личное имя. Её основа — имя Мустафа, которое в переводе с арабского означает «избранный», «очищенный». Это один из эпитетов пророка Мухаммеда, поэтому имя широко распространено у народов, исповедующих ислам: у татар, башкир, азербайджанцев, народов Кавказа и Средней Азии.

Суффикс -ев указывает на русскую патронимическую модель. В русской традиции фамилии на -ов/-ев образовывались от имён, прозвищ или профессий отца: Мустафев буквально значит «сын Мустафы» или «потомок Мустафы». Поскольку имя заканчивается на гласный звук, по правилам русской грамматики добавляется суффикс -ев, а не -ов. Такой же принцип мы видим в фамилиях Алиев, Каримов, Ибрагимов.

В отличие от многих русских фамилий, которые формировались столетиями, фамилии на -ов/-ев у тюркских и кавказских народов в массовом порядке закреплялись в XIX — начале XX века. У татар и башкир это происходило после введения всеобщей переписи и воинской повинности, когда нужно было дать фамилию каждому крестьянину. Поэтому предки носителей фамилии Мустафев, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, а само имя Мустафа передавалось в роду как родовое.

Географически фамилия Мустафев чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, а также среди азербайджанцев и лезгин. У азербайджанцев, впрочем, более распространён вариант Мустафаев — с дополнительным а, так как полная форма имени там произносится как Мустафа. Форма Мустафев (без конечного а) характерна для татарской и башкирской среды, где имя могло усекаться в бытовой речи.

Иногда фамилию путают с Мустафиным, но это разные основы. Мустафин образован от имени Мустафа с помощью другого суффикса (-ин), который в русской модели тоже означает принадлежность, но встречается реже. В целом фамилия Мустафев — прозрачный пример того, как русская фамильная система адаптировала иноязычное имя, сохранив его сакральный смысл.