Фамилия Мустаева образована от арабского имени Муста (от Мустафа), что значит «единственный, избранный». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Мустаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.