Фамилия Мусухина — женская форма фамилии Мусухин. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, поэтому исходная мужская фамилия звучит как Мусухин. Её основа — прозвище или неканоническое имя Мусуха.

Корень здесь — «мус-», который в русских говорах имеет несколько значений. В диалектах северных и центральных областей «мус» или «муса» могло означать «грязь, сор, нечистота». Соответственно, Мусухой могли прозвать неопрятного человека, неряху. Однако не стоит спешить с однозначным выводом: в некоторых говорах слово «мус» имело иное значение — «путаница, беспорядок», а иногда и «шум, гам». Прозвище могло отражать не столько внешнюю нечистоплотность, сколько суетливый, беспокойный характер.

Суффикс «-ух(а)» в русских прозвищах и именах — характерный экспрессивный формант. Он придаёт слову фамильярный, иногда пренебрежительный, а иногда и ласкательный оттенок (сравните: Ванюха, Петруха). В случае с Мусухой суффикс усиливает сниженную, бытовую окраску прозвища. Такие образования были типичны для крестьянской и посадской среды, где человека называли не по церковному имени, а по яркой черте.

Географически фамилия Мусухин (и Мусухина) редкая. Она встречается в основном в центральных и северных регионах России, особенно в бывших Вологодской и Архангельской губерниях, где диалектное слово «мус» было в ходу. Встречаются также варианты написания с одной «с» — Мусухин, что не меняет этимологии.

Версия о происхождении от тюркского или кавказского имени (например, от мусульманского Муса) маловероятна: фамилия оформлена по типично русской модели с суффиксом -ин, а не -ов, что характерно для основ на -а. Кроме того, в тюркских языках форма «Мусуха» не встречается. Так что перед нами чисто славянское прозвище, уходящее корнями в народную речь.