Фамилия Муткина — женская форма фамилии Муткин, и её разбор стоит начать с суффикса -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Муткин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Мутка. Основа здесь — слово «мутка», и оно многозначно, поэтому происхождение фамилии может уходить в разные стороны.

Самая вероятная версия связывает «мутку» с диалектным глаголом «мутить» — делать мутным, беспокоить, возбуждать ссору. В северных и сибирских говорах «муткой» называли человека беспокойного, вздорного или склонного к интригам. Такое прозвище могли дать сварливому соседу или тому, кто постоянно вносил раздор в общину. Менее распространённое, но тоже возможное значение — «мутовка» (палочка для взбалтывания), но прозвище Мутка в этом смысле давали бы, скорее, за худобу или долговязость.

Есть и другая, более редкая гипотеза: в некоторых областях «муткой» называли особый вид рыбацкой сети или ловушки. Тогда предок мог быть рыбаком, который славился этим снаряжением, или же получил прозвище по роду занятий. Однако такая версия подкрепляется только локальными словарями промыслов и не имеет широкого распространения.

Географически фамилия Муткин встречается в основном в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. Это согласуется с диалектной природой слова — в южных говорах «мутка» в значении «ссора» или «мутовка» почти не употреблялась. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской среды, где прозвища были обычным делом, а фамилии закрепились в XIX веке.

Спорных моментов в этимологии немного: некоторые любители ономастики пытаются вывести «Муткина» от тюркского корня, но это маловероятно — суффикс -ин и русская основа указывают на чисто славянское происхождение. Если искать параллели, то стоит вспомнить фамилии Мутовкин, Мутин — они образованы от того же корня, но с разными суффиксами, что подчёркивает вариативность прозвищ в русской деревне.