Фамилия Музыкус — редкая и яркая по происхождению, её носитель почти наверняка был связан с музыкой, но не как любитель, а как профессионал. В основе лежит латинское слово musicus — «музыкант». В западноевропейской традиции, особенно в германских и славянских землях, где латынь долго была языком образования и церкви, слово musicus могло стать прозвищем учителя музыки, органиста, кантора или руководителя хора. Фамилия закрепилась в форме латинского существительного, что нетипично для русских фамилий, но характерно для фамилий, возникших в среде духовенства или образованных горожан.

Модель образования Музыкус — это не суффиксальный русский тип (-ов, -ин, -ский), а прямая фиксация прозвища в его исходном, часто латинизированном виде. Такие фамилии встречаются у потомков выходцев из Речи Посполитой, Прибалтики или у людей, получивших образование в духовных семинариях, где латынь была обязательной. В Российской империи фамилии на -ус (как Музыкус, Астрономус, Физикус) иногда давали воспитанникам семинарий в качестве «учёных» прозвищ, но в данном случае прозвище могло быть и более ранним, уличным.

Географически фамилия Музыкус встречается в основном на западе и юго-западе бывшей Российской империи — на Украине, в Белоруссии, в Польше, а также в Прибалтике. Там латинские заимствования в быту были привычнее, чем в центральной России. Встречаются варианты написания: Музикус, Музыкус, реже Музыкус-... (с двойной фамилией), что указывает на возможное присоединение к прозвищу родового имени.

Споров о происхождении практически нет: латинский корень очевиден. Единственная альтернативная версия — что фамилия могла быть искусственно создана в семинарской среде по модели «отвлечённых» фамилий (например, от лат. musica), но тогда она скорее звучала бы как Музицкий или Музыкантов. Форма Музыкус — это прозвище, а не «бумажная» фамилия, и указывает на реального человека, чья профессия была настолько заметна, что стала его вторым именем.

Сословно носители фамилии могли быть как из мещан и цеховых музыкантов, так и из духовного звания — канторы, регенты, учителя пения. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже логично: музыкант в те времена был ремесленником, а не аристократом. В современной России фамилия встречается редко, но сохраняет своё звонкое, профессиональное звучание.