Фамилия Мяхкоход — редкий случай, когда прозвище почти не изменилось при переходе в фамилию. В ней нет типичных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский, которые «приклеивались» к основе. Перед нами чистое прозвище, застывшее в родительном падеже множественного числа (кого? — Мяхкоход) или, что вероятнее, в именительном падеже единственного числа, но с окончанием, которое в древнерусском могло указывать на собирательность. Такая модель образования встречается в основном у северных и сибирских фамилий, а также у старообрядцев, которые дольше сохраняли архаичные формы.

Корень прозвища — «мяхко» (вариант «мягко») и «ход». Скорее всего, так дразнили человека с плавной, бесшумной походкой. В крестьянской среде, где ходили твёрдо и часто в лаптях или сапогах, мягкий шаг мог быть отличительной чертой. Вторая, менее очевидная версия — прозвище по роду занятий. «Мяхкоходом» могли назвать того, кто ходил по мягкому: например, работника на болотистых почвах, торфянике или в пойме реки, где нога утопала. Но связь с походкой выглядит естественнее.

Фамилия почти не встречается в центральных губерниях. Больше всего записей о Мяхкоходах — на Русском Севере, особенно в Архангельской и Вологодской областях, а также в Сибири, куда переселенцы уходили из тех же мест. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксировалась с разным написанием: «Мяхкоход», «Мягкоход», реже «Мяхоход» (с утратой одного «к»). Это типичная северная фамилия-прозвище, которая не попала в массовые боярские или дворянские списки, а осталась в крестьянской среде.

С точки зрения словообразования, фамилия уникальна тем, что не прошла стадию патронимического суффикса. Если бы предка звали Мяхкоход, его дети стали бы Мяхкоходовыми, но нет — они остались Мяхкоходами. Такое возможно, если прозвище было настолько устойчивым, что воспринималось как родовое имя, или если фамилию записывали при переписи прямо с прозвища, не добавляя «-ов». В ономастических справочниках (например, у Б. Унбегауна) подобные случаи описаны как «фамилии-прозвища в чистом виде», характерные для северных говоров.