Фамилия Мяхонин — один из тех случаев, когда написание сбивает с толку. На слух она почти неотличима от «Мехонин», и именно в этом кроется ключ к её происхождению. Основа фамилии — не «мягкий» и не «мякиш», а диалектное прозвище, связанное с ремеслом или характером.

Вероятнее всего, Мяхонин образован от прозвища Мяхоня. В русских говорах, особенно северных и уральских, «мяхоня» или «мяконя» — человек вялый, нерешительный, «мягкий» по характеру. Слово того же корня, что и «мягкий», но с уменьшительно-пренебрежительным оттенком. Прозвище могли дать медлительному, уступчивому или просто добродушному человеку. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мяхонин — сын Мяхони.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых регионах «мяхоней» называли не человека, а предмет — например, кусок мягкой кожи или войлока. Тогда прозвище могло закрепиться за скорняком, шорником или мастером по выделке кож. Эта версия подкрепляется тем, что в русских фамилиях ремесленные прозвища на -оня встречаются (сравните с Кожемяка, но там другая модель). Однако для фамилии Мяхонин «характерологическая» версия выглядит убедительнее: прозвища, данные по внутренним качествам, были очень распространены.

Фамилия редкая и имеет чёткую региональную привязку. Большинство Мяхониных — выходцы из Вятской губернии (современная Кировская область) и прилегающих районов Урала. В метрических книгах XIX века фамилия встречается в Котельническом и Орловском уездах Вятской губернии. Это объясняется местным диалектом: именно в этих краях слово «мяхоня» бытовало в значении «размазня» или «неповоротливый».

В написании через «я» закрепился именно диалектный вариант произношения. Если бы фамилия происходила от литературного «мех» (шкура), она бы писалась как Мехонин — и такие фамилии действительно существуют, хотя и не родственные Мяхонину. Таким образом, Мяхонин — фамилия, которая сохранила в себе живую народную речь: прозвище, данное по характеру, и областное произношение, ставшее официальным.