Фамилия Мяктинов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с едой, но не с той, что привычна современному столу. Исходное слово — «мяктина». В русских говорах, особенно северных и сибирских, так называли мякиш хлеба, мягкую часть под коркой, а также размоченный в воде или квасе хлеб. Человек, получивший прозвище Мяктина, мог быть любителем такой еды, либо, что правдоподобнее, пекарем или человеком, который торговал хлебом. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мяктинов — сын Мяктины.

Версия, возводящая фамилию к тюркскому корню (например, от слова «мякт» — «похвала» или «лесть»), выглядит натянутой. Фонетика русского слова «мяктина» проще и естественнее объясняет прозвище, а география фамилии — в основном Архангельская область и бывшие северные губернии — подтверждает связь с местными диалектами. В поморских семьях хлеб был основой рациона, и прозвища, связанные с ним, встречались нередко.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму, избежав перехода в более привычное «Мякишев» или «Мякинин». Это говорит о том, что прозвище закрепилось в конкретной местности раньше, чем общерусские стандарты фамилий вытеснили диалектные варианты. Встречаются и варианты написания — «Мяктенов», но исходная форма — именно Мяктинов.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или посадской. В дворянских родословных книгах фамилия не отмечена, что типично для прозвищ, возникших из бытовой лексики в среде простого народа. Носители фамилии — потомки людей, которых когда-то в деревне называли по их отношению к хлебу, самому насущному продукту.