Фамилия Мякшинов — один из тех редких случаев, когда основа слова сохранила почти буквальную звуковую оболочку древнерусского прозвища. В её центре лежит слово «мякша», которое в старину имело два основных значения. Первое — «мякиш», то есть мягкая часть хлеба, но в переносном смысле так могли назвать человека изнеженного, нежного, «мягкотелого». Второе, более прозаическое, — «мякша» означало «грязь», «слякоть» или «топкое место»; в ряде северных и сибирских говоров «мякша» — это болотина, вязкая почва. Соответственно, прозвище могло достаться либо человеку с мягким, уступчивым характером, либо тому, кто жил у болота или на сырой земле.

Суффикс -ин указывает на патронимическую модель: Мякшинов — это «чей?» — сын Мякшина, а тот, в свою очередь, сын или потомок человека по прозвищу Мякша. Такая модель была типична для недворянских фамилий центральной и северной России. В отличие от фамилий на -ов (от существительных мужского рода с твёрдой основой), форма на -ин чаще возникала от основ на -а или -я, что как раз и даёт «Мякша → Мякшин → Мякшинов».

Любопытно, что в старых документах встречается вариант без наращения — Мякшин. Он фиксируется в писцовых книгах XVI–XVII веков по Новгородской и Вологодской землям. Фамилия Мякшинов, скорее всего, более поздняя и образована от той же основы через промежуточную форму Мякшина (женская или родовая), к которой добавили стандартный суффикс принадлежности. Это довольно редкий словообразовательный ход: обычно фамилии на -ин так и остаются с одним суффиксом, а здесь он удвоился, вероятно, для приведения к более привычному звучанию на -ов.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку Европейской России. Наибольшая плотность Мякшиновых — в бывшей Вятской губернии (современная Кировская область) и в Пермском крае. Встречается она и в Сибири, куда переселенцы уходили в XVII–XIX веках. Социальный состав носителей, судя по архивным записям, — преимущественно крестьяне и мещане, дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Мягков, Мякишев, Мякшин) показывает, что Мякшинов — самый редкий вариант. Если Мягков образован от прилагательного «мягкий», а Мякишев — от «мякиш», то Мякшинов стоит особняком как производное от конкретного прозвища, а не от общего качества. Это делает фамилию ценной для этимолога: она не стёрлась до абстрактного признака, а сохранила живую бытовую деталь — будь то характер человека или особенность места его жизни.