Фамилия Мякшинова — женская форма фамилии Мякшинов, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Мякша. В основе лежит древнерусское нецерковное имя Мякша, которое было широко распространено в XV–XVII веках. Имя это, скорее всего, образовано от прилагательного «мягкий» (в древнерусском — «мякъкъ») и могло характеризовать человека по характеру: покладистого, уступчивого, незлобливого. В народе такие имена давали не в насмешку, а как пожелание или констатацию свойства — так же, как именами Добрыня, Молчан или Неупокой.

Суффикс -ин в фамилии Мякшинов указывает на принадлежность: «чей?» — сын Мякши. То есть сначала появилось отчество Мякшин, которое затем закрепилось как фамилия. Модель образования типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин чаще встречаются, чем на юге. В отличие от фамилий на -ов (от основ на согласный), -ин добавляется к основам на -а/-я: Мякша → Мякшин.

Есть и другая версия, менее вероятная: связь с тюркским словом «мякши» (мягкий, слабый) или с диалектным «мякшина» — так в некоторых говорах называли мякиш хлеба или что-то размягчённое. Но первая гипотеза — самая надёжная, поскольку имя Мякша фиксируется в исторических документах. Например, в актах XVI века упоминается новгородский крестьянин Мякша, а в переписных книгах XVII века встречаются Мякшины среди посадских людей и крестьян.

Географически фамилия Мякшинов (и Мякшинова) тяготеет к северо-западу и северу России — Новгородской, Вологодской, Архангельской областям. Это косвенно подтверждает древнюю новгородскую колыбель имени. В современных справочниках фамилия нечастотна, что говорит о её локальном происхождении: предки носителя, скорее всего, жили в одном районе несколько поколений, и фамилия не разошлась широко по стране.

Таким образом, Мякшинова — это не про «мякиш» или «мять», а про мягкий нрав предка, которого в деревне прозвали Мякшей. Фамилия сохранила память о личном имени, которое вышло из употребления ещё в XVIII веке, уступив место церковным календарным именам.