Фамилия Мякшев — один из тех случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранило архаичную, почти забытую форму. В современном русском языке слово «мякша» не употребляется, но в диалектах оно означало «мякиш», то есть мягкую часть хлеба, или просто нечто мягкое, рыхлое. В переносном смысле так могли назвать изнеженного, нерешительного или, наоборот, добродушного человека — того, кого «легко мять».

Суффикс -ев указывает на типичную модель притяжательных фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. По той же схеме возникли Мягков, Мякишев, Мячин, но Мякшев стоит особняком: его основа короче и звонче. Если Мякишев восходит к «мякиш» через полногласный вариант, то в Мякшеве мы видим более древнюю, усечённую форму — «мякша», что характерно для северо-западных и новгородских говоров.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и северным областям России. В переписных книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с этим прозвищем, но в боярские списки Мякшевы не попали — это однозначно непривилегированная среда. Интересно, что в некоторых говорах «мякша» могло относиться и к профессии: так называли пекаря, который выпекал хлеб особенно мягким, или же, напротив, бракёра, отбраковывающего чёрствый товар. Вторая версия менее вероятна, но не исключена.

В написании фамилии возможны варианты: через «о» (Мякшов) в устной речи, но исторически закрепилось именно -ев. Родственные фамилии — Мякшевский (польско-шляхетская модель) и Мякшонков (с уменьшительным суффиксом), но они встречаются редко. Таким образом, Мякшев — фамилия-прозвище, в которой слышен отголосок бытовой наблюдательности: человека назвали по самому заметному качеству — мягкости, будь то характер или внешность.