Фамилия Мякшина восходит к прозвищу Мякиша. Мякиной на Руси называли отбросы, получаемые при молотьбе хозяйственных растений и состоящие из обломков колосьев, стеблей и другого мусора, употреблявшиеся как корм скоту. Поэтому прозвище Мякиша мог получить крестьянин. Однако так могли называть также полного, пухлого, либо доброго человека. Выпадение гласного «и» объясняется историческими изменениями в языке. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мякиша, со временем получил фамилию Мякшина.