Фамилия Мякшикова — женская форма мужской фамилии Мякшиков, и её происхождение стоит искать в прозвище или мирском имени Мякшик. Основа здесь — прилагательное «мягкий» (в древнерусском произношении «мяккий»), но не в прямом, а в переносном смысле. Слово «мякшик» могло означать человека мягкого, уступчивого, незлобивого по характеру. Однако более вероятно, что прозвище относилось к ремеслу или бытовой черте: «мякшиками» в некоторых говорах называли тех, кто мял лён или кожу (мялка — орудие для размягчения волокна). То есть предок носительницы фамилии мог быть мастером по обработке льна или кожевником.

Суффикс -ик в основе Мякшик указывает на уменьшительно-ласкательную или обиходную форму. Такие прозвища были типичны для русских крестьянских и посадских фамилий XVI–XVII веков. Затем суффикс -ов присоединился по стандартной модели: Мякшик → Мякшиков — «сын Мякшика». Фамилия относится к числу ранних «отпрозвищных», то есть образованных не от крестильного имени, а от бытового прозвания.

Географически фамилия Мякшикова встречается в северных и центральных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где обработка льна была традиционным промыслом. В этих краях слово «мякшик» могло закрепиться как устойчивое прозвище, а затем фамилия. В отличие от фамилий на -ский, которые часто носили дворяне или духовенство, Мякшиковы — типично крестьянская фамилия, и в дореволюционных метрических книгах её носители числятся в основном среди государственных или помещичьих крестьян.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Мягков, Мякишев, Мякоткин) показывает, что все они исходят из одного корня, но разные суффиксы отражают разные диалектные формы. Мякшиков — одна из самых редких в этом ряду, что делает её особенно ценной для локальной истории: она не «размазана» по всей стране, а привязана к конкретному ареалу.