Скорее всего, прозвище Мякушка образовано от слова «мягкий». Однако не исключено, что прозвище Мякушка восходит к нарицательному «мякота»: так в самарских и саратовских говорах называли паханую землю, поле, с которого снят один хлеб. Следовательно, Мякушкой могли называть и крестьянина, имевшего мякотное поле. В таком случае прозвище Мякушка могло относиться к числу «профессиональных» именований и указывать на род занятий человека: не исключено, что основатель рода Мякушкиных занимался выделкой кож. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мякушка, со временем получил фамилию Мякушкина.