Фамилия Мяликов образована по самой распространенной в русском языке модели — от прозвища или имени, оканчивающегося на согласный, с помощью патронимического суффикса -ов. В основе лежит прозвище Мялик. Его происхождение, скорее всего, связано с глаголом «мять». В русских говорах «мяликом» называли не только того, кто мнет лен или кожу (ремесленника-мяльщика), но и человека, который «мнет» слова — то есть говорит невнятно, мямлит. В некоторых областях слово имело переносное значение: так могли прозвать медлительного, нерешительного человека, который «мнется» на месте.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими языками, где встречается имя Мялик (от арабского «малик» — владыка, царь). Однако в русской среде такое имя было бы редким, и фамилия бы тогда писалась через «а» — Маликов. Вариант «Мяликов» с мягким знаком и «я» указывает именно на славянскую глагольную основу.

Суффикс -ов в фамилии Мяликов — типичный для центральных и северных регионов России, где патронимы на -ов вытеснили более древние формы. Это значит, что родоначальник, которого звали Мялик, жил не раньше XV–XVI века, когда фамилии начали закрепляться за крестьянскими и посадскими семьями. В отличие от дворянских родов, Мяликовы, скорее всего, были людьми из простонародья — крестьянами или ремесленниками, чье прозвище точно описывало либо занятие, либо характер.

Однокоренные фамилии — Мяльцев, Мячин, Мякшев — встречаются реже. Мяликов же можно встретить в Поволжье и на Урале, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне из центральной России. В документах фамилия не фиксируется среди известных дворянских родов, что подтверждает ее «низовое» происхождение: ее носили люди, чья история осталась в метрических книгах и ревизских сказках, а не в гербовниках.