Фамилия Мятишкин образована от прозвища или нецерковного имени Мятишка. В основе лежит глагол «мять» — комкать, давить, месить. Прозвище могли дать человеку по роду занятий: например, тому, кто мял кожи при выделке или месил глину для кирпича или печей. Такая версия выглядит правдоподобно: в старину прозвища по ремеслу были распространены повсеместно, а глагольная основа с суффиксом -ишк- (Мятишка) типична для обиходной речи.

Есть и вторая гипотеза, более редкая. Она возводит прозвище к древнерусскому слову «мятьль» — верхняя одежда, мантия, плащ. В форме «мятля» слово дожило до XIX века и зафиксировано в «Толковом словаре живого великорусского языка» Владимира Даля. Если следовать этой версии, Мятишкой называли человека, который носил такой плащ или накидку. В старину подобную одежду использовали воины и воеводы, поэтому прозвище могло указывать не только на внешний вид, но и на социальное положение предка. Однако здесь есть слабое место: от «мятьль» естественнее было бы ожидать форму Мятиль или Мятилька, а не Мятишка. Поэтому версия с глаголом «мять» выглядит предпочтительнее.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Мятишкин — сын Мятишки. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с уменьшительными суффиксами. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, что подтверждается документальными свидетельствами. В Книге памяти Республики Удмуртия упоминается сапожник Мятишкин Леонтий Николаевич, родившийся в 1894 году в городе Сарапул. Сапожник тоже имел дело с разминанием кожи — это косвенно поддерживает первую версию происхождения фамилии. Сарапул в те годы был купеческим городом с развитыми ремеслами, так что фамилия там не случайна.