Фамилия Мыхалюта — редкий случай, когда в основе лежит не церковное имя, а народная форма имени Михаил, причём с характерным белорусским или западнорусским суффиксом. «Мыхалюта» — это то же, что и «Михалюта» или «Михалёк», только с «ы» на месте первого «и»: диалектное произношение, где «и» после твёрдых согласных звучало как «ы» (сравните: «Мыхайла» вместо «Михайла»). Так говорили в говорах Псковщины, Смоленщины, а особенно в белорусских землях.

Суффикс -юта в этой фамилии — не просто уменьшительный, а указывающий на принадлежность или родство. В древнерусской и западнорусской антропонимии модели на -юта, -ута (Дементюта, Павлюта, Степанюта) означали «сын такого-то» или «человек, связанный с таким-то». То есть Мыхалюта — буквально «Михайлов сын» или «Михайлов человек». Со временем прозвище закрепилось за потомками и стало фамилией.

Фамилия почти не встречается в центральной России, зато плотно локализована на западных границах: в Брестской и Гродненской областях Беларуси, а также среди переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. В польской ономастике есть близкая форма Michaluta — тоже от Michał, что подтверждает западнославянский след. В дореволюционных переписях носители Мыхалюта записаны в основном как крестьяне или мещане, без дворянских корней.

Главная особенность фамилии — варьирование первого гласного. Если в документах встречается «Михалюта» — это тот же корень, но с литературным произношением. Разница в написании не меняет смысла: основа в обоих случаях — разговорное «Михал» (Михаил). Так что фамилия Мыхалюта — живой след того, как в народе звали человека по отцу, не пользуясь полным церковным именем.