Фамилия Мыкус — редкий случай, когда географический адрес говорит о происхождении громче, чем корень слова. Она почти наверняка литовская или жемайтийская. В литовском языке mikus означает «маленький» или «крошечный» — так могли прозвать невысокого человека, младшего в семье или того, кто работал с мелкими предметами. Окончание -ус — типичный литовский суффикс, превращающий прозвище в фамилию. В XIX веке, когда Российская империя проводила массовую паспортизацию, многие литовцы получали фамилии именно в такой форме.

Встречается и вторая версия: Мыкус как вариант белорусской фамилии Микус, образованной от имени Мика (Михаил) через тот же суффикс. Но если бы фамилия была славянской, она скорее получила бы окончание -ов или -ин. Литовский след здесь убедительнее — особенно если учесть, что в Литве и соседних районах Польши фамилия Микус/Mikus встречается часто, а в русских переписях XIX века почти не фиксируется.

Написание через «ы» вместо литовского «i» — результат адаптации к русской орфографии. В метрических книгах западных губерний можно найти варианты Микус, Мыкус и даже Мыкусь — последний говорит о мягком произношении, свойственном польскому или белорусскому языку. Носители фамилии в России и Беларуси — потомки тех, кто переселился из Литвы в XIX-XX веках, часто крестьяне или ремесленники.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает литовскую природу. Микутис, Микалаускас, Микшис — все они построены по той же модели: основа + -ус/-ис. Мыкус стоит в этом ряду как уменьшительная форма, передающая не столько род занятий, сколько внешность или положение в семье.