Фамилия Мыгус — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от типичных русских фамилий на -ов или -ин, здесь нет привычного суффикса принадлежности. Окончание -ус сразу наводит на мысль о латинском или западном влиянии: в России такие фамилии чаще всего встречались в среде духовенства (семинарские, искусственно образованные от латинских слов) или у выходцев из Речи Посполитой.

Скорее всего, Мыгус — это русифицированная форма польской или украинской фамилии. В польском языке есть слово «mygać» (мигать, мелькать) или «myg» (устар. — миг, мгновение). Фамилия могла возникнуть как прозвище человека быстрого, верткого, или того, у кого был нервный тик — «мигающего». Вторая версия, менее вероятная, но возможная: переосмысление немецкой фамилии Migus, которую могли принести в Россию мастера или колонисты. Третий вариант — искусственная семинарская фамилия от латинского «migro» (переселяюсь, ухожу), которую давали воспитанникам духовных училищ, часто менявшим место учёбы или прихода. Но эта гипотеза слабая: для семинарских фамилий типичнее окончание -ский или -ин, а -ус встречается реже и чаще в украино-белорусском регионе.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу России и Украине. В дореволюционных метрических книгах Мыгусы изредка попадаются в Киевской, Подольской и Волынской губерниях. Это указывает на то, что корни фамилии — в западнорусских землях, где смешивались славянские, польские и литовские влияния. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и мещанами или однодворцами; однозначно судить по фамилии нельзя.

Что касается ударения, то оно почти наверняка падает на первый слог — Мы́гус, по аналогии с польским произношением. В русском языке фамилия так и осталась «непрозрачной»: ни корень, ни суффикс не дают мгновенной подсказки о занятии или имени предка. Это одна из тех фамилий, где история зашифрована в редком окончании и региональной привязке, а не в очевидном ремесле.