Фамилия Мыльников напрямую рассказывает о деле, которым занимался её первый носитель. В основе лежит прозвище Мыльник, а оно, в свою очередь, произошло от нарицательного названия ремесленника — «тот, кто варит мыло и торгует мылом». Это классический пример «профессионального» прозвища: в старину человека часто называли не по имени, а по тому, чем он зарабатывал на хлеб, и это именование закреплялось за ним прочнее крестильного.

Однако у прозвища есть и второе, менее очевидное значение. Мыльником могли называть не только мыловара, но и человека, который следил за порядком в мыльне. В отличие от парной, мыльня была особым помещением в бане, где не парились веником, а только мылись с мылом. Смотритель за таким заведением тоже получал прозвище Мыльник, так что родоначальник фамилии мог быть не производителем, а хранителем банной чистоты.

Словообразовательная модель здесь простая и распространённая: прозвище на -ник (как Бондарь, Кузнец, Плотник) плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов. Фамилия отвечает на вопрос «чей сын?» — сын Мыльника, то есть Мыльников. Суффикс -ов указывает на отчество-патроним, которое со временем застыло в качестве родового имени.

«Ономастикон» С. Веселовского фиксирует реальных носителей этого прозвища уже в XVI веке. Среди них Игнат Васильев сын Мыльников, Мишко Иванович Мыльников и Ганка Микифоров сын Мыльников. Эти записи ценны тем, что показывают: прозвище уже тогда передавалось по наследству и функционировало как устоявшееся семейное именование, хотя до окончательного закрепления фамилии в современном виде оставалось ещё несколько поколений.

Существует и третья, менее правдоподобная версия, которую иногда упоминают в популярной литературе. Она связывает прозвище с переносным значением глагола «мылить» — «бранить, журить». Якобы Мыльником могли прозвать сурового человека, любящего поучать других. Эта гипотеза выглядит натянутой: в источниках нет примеров, где прозвище Мыльник использовалось бы для характеристики характера, зато ремесленное значение подтверждается и самим словом, и логикой народной ономастики. Поэтому версия о профессии остаётся основной.

Интересно, что фамилия Мыльников органично вписывается в ряд однокоренных фамилий, образованных от названий ремёсел, связанных с домашним обиходом: Свечников, Ситников, Прянишников. Все они возникли примерно в одно время и по одной модели, что говорит о едином процессе формирования русских фамилий в XV–XVII веках, когда прозвища ремесленников становились наследственными.