Фамилия Мыльникова хранит память о занятии или характере своего первого носителя. В её основе лежит прозвище Мыльник, которое в старину имело сразу несколько значений. Чаще всего так называли человека, который варил мыло и торговал им, — это типичное «профессиональное» именование, закреплявшееся за ремесленником.

Но мыловарение — не единственный возможный источник прозвища. В древнерусском языке мыльней называли баню, а точнее — особое помещение, где не парились, а только мылись. Поэтому Мыльником могли величать и банщика, и хозяина такой мыльни. Есть и третья версия, связанная с переносным значением глагола «мылить» — «бранить, журить». В этом случае прозвище могло закрепиться за человеком суровым, любящим поучать и отчитывать окружающих.

Какая из версий правдоподобнее — сказать трудно. Профессиональное прозвище встречалось чаще, но и характер человека в народе подмечали не хуже ремесла. Возможно, разные ветви рода Мыльниковых получили своё имя от разных людей, носивших прозвище Мыльник по разным причинам.

Фамилия Мыльникова образована по стандартной модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ов: от прозвища Мыльник к фамилии Мыльников, а затем и к женской форме Мыльникова. Такой тип фамилий складывался в XV–XVII веках, когда прозвище отца переходило к детям и внукам как наследственное имя.

Ранние упоминания фамилии встречаются в «Ономастиконе» С. Веселовского. Там названы Игнат Васильев сын Мыльников, Мишко Иванович Мыльникова и Ганка Микифоров сын Мыльников, жившие в XVI веке. Эти записи показывают, что уже тогда прозвище Мыльник прочно закрепилось за конкретными людьми и начало переходить к следующему поколению.