Фамилия Мыненкова образована по русской модели от мужской формы Мыненков, а та, в свою очередь, — от прозвища или имени Мыненок. Суффикс -енок (-онок) в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и имеет характерный оттенок: в древности он указывал на молодое существо или детёныша. Если человек носил прозвище Мыня, его сына могли называть Мыненок — то есть «маленький Мыня» или «сын Мыни». Со временем это прозвище закрепилось как фамильное имя, а суффикс -ов/-ев добавился уже по стандартной схеме: Мыненков — «чей?» — Мыненков.

Основа Мыня — сокращённая или ласкательная форма от канонического имени. Скорее всего, это вариант имени Мина (греческое «месяц»), которое было распространено в святцах и давалось при крещении. В народной речи Мина легко превращалось в Миню, а затем, через чередование гласных, в Мыню. Такой переход — не редкость в диалектах, где «и» могло звучать как «ы». Возможна и вторая версия: Мыня — прозвище от глагола «мынить» (медлить, колебаться), но она менее вероятна, так как глагол этот редок и локально ограничен.

География фамилии Мыненков (и женской Мыненкова) преимущественно связана с центральными и южными областями России, особенно с Курской, Белгородской и Воронежской. Там модель на -енок встречается чаще, чем на севере. В XIX веке носители фамилии числились в основном среди государственных крестьян и однодворцев — потомков служилых людей, охранявших южные рубежи. Это значит, что предки Мыненковых могли быть не крепостными, а лично свободными землепашцами или стрельцами.

В написании фамилии возможна путаница: иногда её записывали как Миненков (от Мина), и в некоторых ветвях рода ударение падает на первый слог — М́ыненков, а в других на второй — Мыне́нков. Оба варианта имеют право на существование, но исторически более оправдано ударение на корень: Мы́ненков, поскольку исходное имя Мина было коротким и ударным.