Фамилия Мынин — редкий случай, когда на слух она кажется простой и прозрачной, а на деле ставит перед исследователем несколько загадок. В основе почти наверняка лежит прозвище или мирское имя Мыня, но вот от какого слова оно образовано — тут возможны варианты. Самый прямой путь — от глагола «мыть» или существительного «мыло». В старину прозвище Мыня могли дать либо тому, кто работал с водой, мыл что-то (например, на постоялом дворе или в бане), либо чистюле, который постоянно мылся и опрятно выглядел. Вторая версия — от диалектного слова «мына» в значении «обман, хитрость»; тогда Мыня — прозвище плутоватого человека. Третья, менее вероятная, но возможная — от имени Мина (каноническая форма) через народное произношение «Мина» → «Мыня» с заменой гласной под влиянием акающих говоров.

Фамилия образована по древнейшей и самой продуктивной восточнославянской модели: прозвище на -а → притяжательное прилагательное с суффиксом -ин. Мынин буквально означает «сын Мыни» или «человек из рода Мыни». Суффикс -ин в этой фамилии указывает на основу мужского рода, оканчивающуюся на -а, что типично для прозвищ и уменьшительных имён. С точки зрения сословной принадлежности, Мынины, скорее всего, происходили из крестьян или посадских людей: фамилии на -ин в этой среде были особенно распространены, в отличие от дворянских фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались среди служилых людей.

География фамилии неширокая, что подтверждает её редкость. Основные очаги — центральные и северные области России: Вологодская, Костромская, Кировская области. Встречается также в Пермском крае, куда фамилия могла попасть с переселенцами из северных уездов. В документах XVII века, например, в переписных книгах Вятской земли, упоминаются крестьяне Мынины — это один из немногих ранних письменных следов фамилии.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт любопытную картину. Мыльников — фамилия от ремесла (мыловар), она гораздо понятнее и многочисленнее. Мынин же стоит особняком: если бы основой было «мыло», мы бы ждали форму Мылов или Мылкин. Сочетание корня «мы-» с суффиксом -н- и окончанием -я (Мыня) типично для разговорных, бытовых прозвищ, которые не всегда поддаются однозначной этимологии. Поэтому, хотя версия с «мытьём» выглядит самой естественной, не стоит исключать, что в каком-то конкретном роду Мыниных прозвище предка могло быть связано с местным диалектным словом, ныне забытым.