Фамилия Мышенская — типичная «географическая» фамилия, образованная по модели, характерной для польской, украинской и западнорусской аристократии. Её основа — топоним Мышенка или Мышино, а суффикс -ск- указывает на связь с местностью: такую фамилию получал либо владелец поместья, либо выходец из села или усадьбы с похожим названием. Если отбросить окончание, корень — «мыш-», который прямо отсылает к названию грызуна. Но в ономастике прозвищные фамилии на -ский встречаются реже, чем на -ов и -ин, поэтому первичным здесь скорее всего было название населённого пункта.

Откуда могло взяться такое название? Самый простой вариант — от слова «мышь», но не обязательно в прямом смысле: в славянской топонимике «мышь» могла быть метафорой для чего-то мелкого, тёмного или извилистого (например, мышиный ход, узкий овраг). Второй вариант — от гидронима Мышенка: в бассейне Оки и в Смоленской области есть речки с таким названием. Третий, менее вероятный — от дохристианского имени Мышь, которое давали для защиты от злых сил (по принципу «назови плохо, чтобы зло не тронуло»). Но в случае с Мышенской, где суффикс -ск-, версия с именем слабее: такие фамилии обычно не образуют от личных прозвищ без привязки к земле.

Фамилия редкая и не имеет устойчивой дворянской родословной в известных гербовниках. Это не значит, что её носители не могли быть шляхтой: в Речи Посполитой мелкопоместная шляхта часто носила «местные» фамилии, но не фиксировалась в центральных реестрах. Скорее всего, предки Мышенских — это люди, жившие в деревне Мышенка или владевшие хутором Мышино, и фамилия закрепилась за ними при переходе к постоянным родовым именам в XVII–XIX веках. Ударение в фамилии плавающее: в русской традиции чаще ставят на второй слог (Мыше́нская), но возможен и вариант с ударением на первый (Мы́шенская) — это зависит от местного говора и того, как произносили название исходного села.