Фамилия Мишенская — редкий случай, когда притяжательный суффикс -ск- указывает не на дворянское поместье, а на топоним, который мог быть связан с местом, где стояла мельница или где жил человек с прозвищем Мишень. В основе лежит не женское имя, как может показаться на первый взгляд, а либо диалектное слово «мишень» (в старых говорах — не только цель для стрельбы, но и мельничный жернов, а также приметный ориентир на местности), либо мужское прозвище Мишень — от «мишить» (целиться, метить). Второй вариант правдоподобнее: прозвище могли дать меткому стрелку или, наоборот, тому, кто постоянно промахивался.

Модель образования типична для фамилий, возникших из названия деревни или урочища. В писцовых книгах XVII века встречаются селения Мишенино, Мишенки, Мишенская — в основном на севере и северо-востоке России (Вологодчина, Архангельская губерния, Вятка). Житель такой деревни получал прозвание «мишенский», а его дети уже писались Мишенскими. Суффикс -ск- здесь работает как указатель на принадлежность к месту, а не к роду, поэтому фамилия не склоняется по женскому роду в значении «жена Мишени» — это скорее «выходец из Мишенского».

Спорный момент: в некоторых регионах «мишенью» называли не только цель, но и круглый камень для ручной мельницы. Если предок был мельником, фамилия могла возникнуть от орудия труда. Однако документальных подтверждений такого промыслового прозвища для фамилии Мишенская нет — это лишь гипотеза ономастов, работающих с северными говорами. Более надёжная версия — топонимическая, подкреплённая реальными географическими названиями.

Фамилия остаётся редкой и локальной. В современных телефонных справочниках Мишенские встречаются преимущественно в Вологодской и Кировской областях, а также среди потомков переселенцев в Сибири. Дворянского герба у фамилии нет — она крестьянская или посадская по происхождению, что не делает её менее интересной для тех, кто ищет свои корни в северных волостях.