Фамилия Мишенов образована от прозвища или нецерковного имени Мишеня. В русской ономастике суффикс -еня характерен для уменьшительно-ласкательных форм: достаточно вспомнить распространённые имена вроде Гришеня (от Григорий), Мишеня (от Михаил), Петреня (от Пётр). Таким образом, Мишеня — это народная, бытовая форма канонического имени Михаил. Крестьянская среда, особенно в центральных и северных губерниях, часто заменяла полное церковное имя домашним вариантом, который и закреплялся в фамилии.

Модель Мишен-ов относится к патронимическому типу: суффикс -ов указывает на принадлежность «сын Мишени». Это одна из самых массовых моделей русских фамилий, что говорит о её простонародном происхождении. В отличие от фамилий на -ский, которые часто носили дворяне или духовенство, Мишеновы — потомки крестьян, ремесленников или посадских людей, у которых имя отца в форме прозвища становилось родовым.

Спорным моментом может быть связь с географическим названием — например, с рекой или селом Мишенка. Такие топонимы встречаются в Тульской и Калужской областях. Однако в этом случае фамилия скорее звучала бы как Мишенский, а не Мишенов. Версия с прозвищем Мишеня надёжнее: она объясняет и суффикс, и распространённость фамилии в разных регионах без привязки к одному месту.

Интересная деталь: в старых документах фамилию могли записывать через «ё» — Мишёнов. Это не ошибка, а отражение живого произношения, где ударный звук после мягкого согласного переходил в «ё». Со временем написание унифицировалось, но в некоторых семьях до сих пор можно встретить оба варианта.

Фамилия Мишенов не относится к редким, но и не входит в число самых частых. Встречается преимущественно в центральной России и Поволжье — в зоне расселения великорусского населения, где имя Михаил было одним из самых популярных.