Фамилия Мишенева хранит в себе память о личном имени, которое в народе звучало проще и теплее, чем в церковных святцах. В её основе лежит имя Мишень — ласковая, обиходная форма канонического имени Михаил. В переводе с древнееврейского Михаил означает «благонравный» или «тот, кто подобен Богу», но в крестьянской среде это высокое значение быстро уступило место обычному домашнему обращению к ребёнку.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: к основе Мишень добавили суффикс -ев, который указывает на принадлежность. Такой способ формирования фамилий был массовым в XVI–XVII веках, когда у человека спрашивали: «Ты чей будешь?» — и следовал ответ: «Мишенев», то есть сын, внук или потомок Мишеня. Женская форма Мишенева закрепилась за супругой или дочерью главы семьи, а в современном употреблении она чаще передаётся по наследству от отца.

Вероятнее всего, основатель рода Мишеневых не принадлежал к знати. Простые люди, носившие мирское имя Мишень, встречались в основном среди крестьян, ремесленников и посадских. Церковь требовала давать детям при крещении полное имя Михаил, но в быту оно сокращалось до Миши, Мишеньки и, наконец, до Мишеня. Именно эта последняя форма, с мягким знаком, и дала жизнь фамилии.

Любопытно, что фамилия Мишенева не единственная в этом ряду. Однокоренные Мишенков, Мишин, Мишагин, Мишуткин образованы от тех же производных форм имени Михаил, но каждая фиксирует свой вариант произношения. Мишень — форма относительно редкая, поэтому фамилия Мишенева встречается заметно реже, чем, скажем, Мишин, и это делает её более локальной и узнаваемой.

Спорных версий о происхождении фамилии практически нет: прозвищное значение слова «мишень» в смысле цели для стрельбы закрепилось в русском языке позже, в петровскую эпоху, и к личному имени отношения не имеет. Так что связь с Михаилом остаётся единственной убедительной гипотезой, подкреплённой и фонетикой, и историей русских имён.

Точных сведений о том, когда именно и в каких губерниях фамилия Мишенева появилась впервые, в открытых источниках мало. Но по модели образования и по аналогии с другими фамилиями на -ев можно уверенно сказать: она сложилась не позднее XVII века, когда фамилии начали передаваться из поколения в поколение и выходить за пределы одного двора.