Фамилия Мишенин входит в большое «гнездо» фамилий, образованных от имени Михаил. В переводе с древнееврейского оно означает «богоравный», но в повседневной жизни полная форма даже в XVIII веке оставалась достоянием церкви и торжественных документов. Люди использовали краткие варианты — Михайла, Михайло или Миша. От этой обиходной формы и пошла фамилия Мишенин.

Обратите внимание на суффикс: Мишенин, а не Мишин. Модель с суффиксом «-енин» встречается реже, чем привычное «-ин», и указывает на более сложный путь словообразования. Скорее всего, сначала от имени Миша возникло отчество Мишена (или прозвище Мишеня), а уже от него — фамилия Мишенин, то есть «сын Мишени». Такой вариант не редкость в русской ономастике, но он заметно выделяет фамилию среди однокоренных.

В XVII–XIX веках имена Михаил, Михайло и Михайла были одними из самых частых на Руси. За столетия они породили целое «гнездо» родственных фамилий: Мишин, Мишагин, Мишаев, Мишуткин и другие. По подсчетам Б. Унбегауна, фамилии этой группы в Петербурге в 1910 году занимали пятое место по употребительности, уступая только Ивановым, Васильевым, Петровым и Смирновым. Мишенины в этом ряду — не самая массовая ветвь, но она сохранила более архаичную форму, что делает её интересной для тех, кто ищет свои корни.

Изначально Мишениным могли называть сына, внука или человека, находившегося в услужении у Мишени. Фамилия закрепилась в северных и центральных русских говорах, где уменьшительные формы имен с суффиксом «-еня» были особенно распространены. Сегодня носители фамилии встречаются по всей России, но наибольшая плотность традиционно сохраняется в Поволжье и на Урале — регионах, куда в XVIII–XIX веках активно переселялись крестьяне из центральных губерний.