Фамилия Мишенский звучит так, будто за ней стоит топоним — название села или города. И это действительно самый надёжный путь к разгадке. Перед нами типичная «географическая» фамилия, образованная по модели, распространённой в среде польской шляхты, украинской старшины и русского духовенства. Суффикс -ский указывает на принадлежность к местности: Мишенский — тот, кто родом из Мишенского.

Где же искать эту местность? Самый прямой вариант — село или деревня с названием Мишенское. Такие пункты действительно существовали и существуют, например, в бывшей Калужской губернии. В этом случае фамилия указывает на помещика, которому принадлежало село, или на священника, служившего в местном храме. Дворяне часто получали фамилии по названию своих вотчин, а духовенство — по названию прихода, особенно после реформы семинарских фамилий в XIX веке.

Есть и вторая, более редкая версия. Основа «мишен-» может восходить не к названию села, а к прозвищу Мишень. В русских говорах словом «мишень» иногда называли не только цель для стрельбы, но и, в переносном смысле, человека, на которого всё время сваливают вину или над которым подшучивают. Если фамилия образовалась от такого прозвища, то первоначально она звучала бы как Мишенин или Мишенев (с суффиксами -ин или -ев), а форма на -ский могла появиться позже, как «облагороженный» вариант — например, при записи в рекруты или при переезде в город, где крестьянину хотелось звучать «по-барски».

Интересно, что фамилия Мишенский встречается заметно реже, чем её однокоренные «собратья» Мишенев или Мишенин. Это как раз говорит в пользу её «книжного», искусственного происхождения. Скорее всего, предок носителя этой фамилии был либо потомственным священником из села Мишенского, либо мелкопоместным дворянином, чей род пошёл от названия небольшого имения. География бытования фамилии — преимущественно центральные и южные области России, что тоже согласуется с версией о калужских или рязанских корнях.